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使馆的名义，由天津陆续开抵北京，进驻东交民巷。到6月8日为止，约数千人的军队到达北京。为了阻止侵略军继续进驻北京，义和团开始拆毁京津铁路，切断京津电报线，并与前来镇压的清军发生激战。此时，在大沽口外已集结了俄、英、日、美、法等国的24艘军舰，在天津租界里已有侵略军2000余人。6月6日前后，驻华公使们议定的联合侵华政策相继得到了本国政府的批准。6月10日，英、俄、日、美、德、法、意、奥八国组成的侵略军2000多人，在英国海军中将西摩的率领下，以“救护使臣”为名，在大沽登陆后，由天津向北京进犯。义和团手持大刀长矛等原始武器，协同清军在落垡、廊坊等地跟侵略军展开血战。侵略军伤亡惨重，狼狈逃回天津租界。
义和团、清军与八国联军鏖战的时候，孙元起已经乘坐“杰拉尔德号”邮轮，在太平洋上航行了。对于这场发生在祖国领土上的战争，孙元起感情很矛盾：一方面痛恨侵略者，希望八国联军战败，另一方面又希望康格先生、丁韪良先生能够平平安安；一方面希望义和团能取胜，一方面又对义和团仇视铁路、电线等西方科技产物颇有微词。如今，躲在与世隔绝的轮船上，再也听不到任何消息，仿佛游离于这个世纪。这个时候，才能静下心，思考一些问题。
在上船后不久，孙元起就借来剪刀和镜子，把自己在清朝留了很长头发剪短，初级吃，剪得犬牙交错、参差不齐。又穿上自己初来清朝时候的西服、衬衫、领带，看着镜子中的自己，只是略比原来忧郁些，也苍老些。仿佛瞬间穿越了时光，又回到了自己的世纪。孙元起呆呆着盯着镜子，竟然痴了。
因为义和团运动的影响，邮轮上大多数都是撤回国的侨民和传教士，作为黄皮肤、黑眼睛的孙元起，反而成为了人群中的少数。当然，孙元起不认识船上的任何人，也不用顾及很多东西。
在邮轮在海上平静的航行时，孙元起一个人坐在甲板上，手里拿着纸和笔，规划自己在美国的行程：首先邮轮到旧金山，然后到耶鲁大学，耶鲁大学貌似在康涅狄格州的纽黑文市，只是不知道康涅狄格州在美国东部的什么位置；接着到美国化学会，对了，美国化学会在哪儿？算啦，到时候再决定去不去那儿吧。卢瑟福所在的加拿大麦吉尔大学是一定要去的，不过也不着急，毕竟还有漫长的六个月。六个月是够漫长的，只怕口袋中的钱不够。想到这里，下意识的摸摸自己口袋里的美金，那是在天津时候兑换的，几乎是自己的全部家当。对了，可以写论文赚钱，这可是自己的杀手锏。
来回想了几回，又开始筹划未来要写的几篇论文：德布罗意波、矩阵力学、薛定谔方程，如何？嗯，德布罗意波是个不错的主意，简单明了。另外呢？解释氢原子的光谱？这样的话，原子结构的跃迁假设和角动量量子化似乎得更早一些写出来
二三日，船很快到了日本横滨，需要加水、加煤，很多人下船，也有人趁机下船闲逛。孙元起不会日语，且人生地不熟的，不好随意走动，只有拜托熟悉的船员和自己一块儿下船，去买几件换洗的衣服以及日用品。
横滨是日本很早开埠的海港，对于招待来自各国的顾客显得得心应手。比如，在商店里面，美元也是可以通用的。孙元起想要买到的西服、衬衫、领带，在大清只有几家洋人开的店，需要量身定做。但在这里，架子上挂满了成衣。大约这些衣服都是为洋人准备的，像身高一米七八的孙元起，并不难挑到合适的。反而是适合日本人身高的小尺寸没见到几件，难道日本人都是定做的？孙元起也没有问。
在横滨走了一圈，又回到船上。要孙元起说在横滨的感受，毫无疑问，就是那种蓬勃的气象，无论是商人、顾客，还是孩童，每个人脸上都有一股子朝气，和西面那个老大帝国的迟暮形成鲜明对比。
孙元起坐在甲板上，望着岸上的日本，心中在想一个沉重的问题：为什么中华民族没有在全世界变化最剧烈的时候，没有把握住发展的最重要时机呢？第一次世界大战、第二次世界大战，是近现代国家崛起的起点，也是翻身的绝佳机会。中国在这两场大战中，都处于战胜国的地位，却没有从中获得任何实际的好处，平白地为他人作嫁衣裳。之后，还要经历一系列动乱，才有飞速发展的三十年。三十年，中国终于跟上了世界的步伐，可惜在很多领域丧失了话语权。为什么这三十年的飞速发展不能提到二十世纪初呢？这样的话，中国会不会走上另一条路，从而崛起成为世界强国，使得几代人提前过上幸福生活呢？
不行！孙元起摇摇头，姑且不说现在的中国积贫积弱，以及外有强敌，内有庸主，关键在于现在民智未开，对于国家的认识还处于蒙昧的状态，只满足于吃饱穿暖的小农生活；政治制度极端腐化，基本的政令都不能上传下达；科技落后，大多数国人甚至意识不到科技对于社会发展的重要作用，科技是第一生产力啊这些，归根到底是教育的落后。比如现在的中国，还在举办科举考试，学习的是四书五经，考的则是八股文。本来，戊戌变法时要在全国推广西式中、小学的，结果因变法失败而流产了；作为硕果仅存的京师大学堂，是中国现代意义上的第一所大学，现在还因为义和团运动而停办了。这是屋漏偏逢连夜雨，船破恰遇顶头风！
想到这儿，孙元起又摇摇头：旧中国真是一穷二白！
自己来到清朝，在养活自己的同时，也影响了身边的几个人，使得他们过上了温饱的生活。这就是自己目前所能做的。可是，自己能不能做得更多呢？比如教育更多的人，为苦难的中国贡献自己的一份力量？可是办学场地、办学经费从哪里来？自己办的小学堂和物理讲习所，花费的是稿酬和薪水，而且时间仓促，自己已经筋疲力尽，如何把教育办大、办好，而不是误人子弟？
想到这里，孙元起又摇摇头，一种无力的感觉蔓延到全身：看来自己一个人想改变历史的走向，或者影响历史的发展，还真是困难呀！自从来到清朝，先是着急解决生存问题，之后又是每天给孩子们上课，很少想这方面的问题。如今，身在辽阔的大海上，不再有生存和工作问题的时候，这些奇怪的念头就涌上了心头，而且变得越来越迫切。是义和团运动引起的思考，还是去国怀乡的惆怅，又或者是在横滨看到的一切刺激了自己？
时值六月初，天气晴好，气温宜人，在海风的吹拂下，仿佛感觉不到时光的流逝。在孙元起坐在甲板上胡思乱想的时候，已经到了下午茶的时间，甲板上的人渐渐多了起来，有些人在扶着栏杆欣赏夕阳下的景色，有些人则在遮阳伞下面喝茶聊天。
或许看到了孙元起的忧郁和困惑，一位年近六旬的传教士走了过来，手里捧着一本圣经，和孙元起说了一句话，可能是打招呼。看到有人走近，孙元起从沉思中回过神，看了那传教士一眼。
传教士看他没有说话，又说了一句奇怪的话，孙元起听不懂的语言。
孙元起用英语说道：“对不起，我想，如果你说英语的话，我应该可以听得懂。”
“你会说英语？那再好不过了！”传教士在胸前划个十字“我可以在边上坐下吗？”
“请自便，神父。”孙元起说。
坐下之后，传教士盯着孙元起：“年青人，我能看见你的软弱与彷徨。来吧，说给我听听。上帝或许会听到你的心声，给予你指点。”
孙元起从来都不是一个倾诉欲望很强烈的人，而且，自己遇到的这些和谁倾诉去？于是，他摇摇头：“恐怕没有人能够给我指点。即使这样，我还是要谢谢你的善良。”
“神说，但要敬畏耶和华你们的神，他必救你们脱离一切仇敌的手。”传教士显然不会被这一个小小的挫折所吓退，他开始长篇大论“我们都是耶和华牧养的羊群，在这世界上，随时会被撒旦的使者所迷惑，寻找不到前进的方向。只要我们诚心地做神的子民，向神倾诉祈祷，他便会听见你的诉求，给予你指点，不至于沉沦”
从小接受唯物主义教育的孙元起，自然不会被传教士这套理论的蛊惑。但知道他好心，不忍心落了他的脸面，加上路途寂寥，便和他有一句没一句地他闲聊。
“说出你的困惑吧，孩子，上帝对于人类的指示都记载在圣经中，现在由我来陈述给你。”
“什么，上帝对于人类的指示都记载在圣经中？”孙元起不是要和他打嘴仗，只是随便反问一句，以表示自己在“认真地”听他说话。
“是的！”传教士笃定地回答道，他举起圣经手臂正好挡住斜射过来的夕阳，迎面看去，很有几分圣洁的色彩“上帝所说的，都记载在圣经中，指示你所当行的事。”
孙元起心中一动，向传教士借过圣经，在夕阳的光辉中闭上眼睛，默默静心一会，然后左手随意翻开一页，右手的食指在纸面上一点，睁开眼，却是创世纪中的一句：
“拉班带领他的众弟兄去追赶，追了七日，在基列山就追上了。”
使馆的名义，由天津陆续开抵北京，进驻东交民巷。到6月8日为止，约数千人的军队到达北京。为了阻止侵略军继续进驻北京，义和团开始拆毁京津铁路，切断京津电报线，并与前来镇压的清军发生激战。此时，在大沽口外已集结了俄、英、日、美、法等国的24艘军舰，在天津租界里已有侵略军2000余人。6月6日前后，驻华公使们议定的联合侵华政策相继得到了本国政府的批准。6月10日，英、俄、日、美、德、法、意、奥八国组成的侵略军2000多人，在英国海军中将西摩的率领下，以“救护使臣”为名，在大沽登陆后，由天津向北京进犯。义和团手持大刀长矛等原始武器，协同清军在落垡、廊坊等地跟侵略军展开血战。侵略军伤亡惨重，狼狈逃回天津租界。
义和团、清军与八国联军鏖战的时候，孙元起已经乘坐“杰拉尔德号”邮轮，在太平洋上航行了。对于这场发生在祖国领土上的战争，孙元起感情很矛盾：一方面痛恨侵略者，希望八国联军战败，另一方面又希望康格先生、丁韪良先生能够平平安安；一方面希望义和团能取胜，一方面又对义和团仇视铁路、电线等西方科技产物颇有微词。如今，躲在与世隔绝的轮船上，再也听不到任何消息，仿佛游离于这个世纪。这个时候，才能静下心，思考一些问题。
在上船后不久，孙元起就借来剪刀和镜子，把自己在清朝留了很长头发剪短，初级吃，剪得犬牙交错、参差不齐。又穿上自己初来清朝时候的西服、衬衫、领带，看着镜子中的自己，只是略比原来忧郁些，也苍老些。仿佛瞬间穿越了时光，又回到了自己的世纪。孙元起呆呆着盯着镜子，竟然痴了。
因为义和团运动的影响，邮轮上大多数都是撤回国的侨民和传教士，作为黄皮肤、黑眼睛的孙元起，反而成为了人群中的少数。当然，孙元起不认识船上的任何人，也不用顾及很多东西。
在邮轮在海上平静的航行时，孙元起一个人坐在甲板上，手里拿着纸和笔，规划自己在美国的行程：首先邮轮到旧金山，然后到耶鲁大学，耶鲁大学貌似在康涅狄格州的纽黑文市，只是不知道康涅狄格州在美国东部的什么位置；接着到美国化学会，对了，美国化学会在哪儿？算啦，到时候再决定去不去那儿吧。卢瑟福所在的加拿大麦吉尔大学是一定要去的，不过也不着急，毕竟还有漫长的六个月。六个月是够漫长的，只怕口袋中的钱不够。想到这里，下意识的摸摸自己口袋里的美金，那是在天津时候兑换的，几乎是自己的全部家当。对了，可以写论文赚钱，这可是自己的杀手锏。
来回想了几回，又开始筹划未来要写的几篇论文：德布罗意波、矩阵力学、薛定谔方程，如何？嗯，德布罗意波是个不错的主意，简单明了。另外呢？解释氢原子的光谱？这样的话，原子结构的跃迁假设和角动量量子化似乎得更早一些写出来
二三日，船很快到了日本横滨，需要加水、加煤，很多人下船，也有人趁机下船闲逛。孙元起不会日语，且人生地不熟的，不好随意走动，只有拜托熟悉的船员和自己一块儿下船，去买几件换洗的衣服以及日用品。
横滨是日本很早开埠的海港，对于招待来自各国的顾客显得得心应手。比如，在商店里面，美元也是可以通用的。孙元起想要买到的西服、衬衫、领带，在大清只有几家洋人开的店，需要量身定做。但在这里，架子上挂满了成衣。大约这些衣服都是为洋人准备的，像身高一米七八的孙元起，并不难挑到合适的。反而是适合日本人身高的小尺寸没见到几件，难道日本人都是定做的？孙元起也没有问。
在横滨走了一圈，又回到船上。要孙元起说在横滨的感受，毫无疑问，就是那种蓬勃的气象，无论是商人、顾客，还是孩童，每个人脸上都有一股子朝气，和西面那个老大帝国的迟暮形成鲜明对比。
孙元起坐在甲板上，望着岸上的日本，心中在想一个沉重的问题：为什么中华民族没有在全世界变化最剧烈的时候，没有把握住发展的最重要时机呢？第一次世界大战、第二次世界大战，是近现代国家崛起的起点，也是翻身的绝佳机会。中国在这两场大战中，都处于战胜国的地位，却没有从中获得任何实际的好处，平白地为他人作嫁衣裳。之后，还要经历一系列动乱，才有飞速发展的三十年。三十年，中国终于跟上了世界的步伐，可惜在很多领域丧失了话语权。为什么这三十年的飞速发展不能提到二十世纪初呢？这样的话，中国会不会走上另一条路，从而崛起成为世界强国，使得几代人提前过上幸福生活呢？
不行！孙元起摇摇头，姑且不说现在的中国积贫积弱，以及外有强敌，内有庸主，关键在于现在民智未开，对于国家的认识还处于蒙昧的状态，只满足于吃饱穿暖的小农生活；政治制度极端腐化，基本的政令都不能上传下达；科技落后，大多数国人甚至意识不到科技对于社会发展的重要作用，科技是第一生产力啊这些，归根到底是教育的落后。比如现在的中国，还在举办科举考试，学习的是四书五经，考的则是八股文。本来，戊戌变法时要在全国推广西式中、小学的，结果因变法失败而流产了；作为硕果仅存的京师大学堂，是中国现代意义上的第一所大学，现在还因为义和团运动而停办了。这是屋漏偏逢连夜雨，船破恰遇顶头风！
想到这儿，孙元起又摇摇头：旧中国真是一穷二白！
自己来到清朝，在养活自己的同时，也影响了身边的几个人，使得他们过上了温饱的生活。这就是自己目前所能做的。可是，自己能不能做得更多呢？比如教育更多的人，为苦难的中国贡献自己的一份力量？可是办学场地、办学经费从哪里来？自己办的小学堂和物理讲习所，花费的是稿酬和薪水，而且时间仓促，自己已经筋疲力尽，如何把教育办大、办好，而不是误人子弟？
想到这里，孙元起又摇摇头，一种无力的感觉蔓延到全身：看来自己一个人想改变历史的走向，或者影响历史的发展，还真是困难呀！自从来到清朝，先是着急解决生存问题，之后又是每天给孩子们上课，很少想这方面的问题。如今，身在辽阔的大海上，不再有生存和工作问题的时候，这些奇怪的念头就涌上了心头，而且变得越来越迫切。是义和团运动引起的思考，还是去国怀乡的惆怅，又或者是在横滨看到的一切刺激了自己？
时值六月初，天气晴好，气温宜人，在海风的吹拂下，仿佛感觉不到时光的流逝。在孙元起坐在甲板上胡思乱想的时候，已经到了下午茶的时间，甲板上的人渐渐多了起来，有些人在扶着栏杆欣赏夕阳下的景色，有些人则在遮阳伞下面喝茶聊天。
或许看到了孙元起的忧郁和困惑，一位年近六旬的传教士走了过来，手里捧着一本圣经，和孙元起说了一句话，可能是打招呼。看到有人走近，孙元起从沉思中回过神，看了那传教士一眼。
传教士看他没有说话，又说了一句奇怪的话，孙元起听不懂的语言。
孙元起用英语说道：“对不起，我想，如果你说英语的话，我应该可以听得懂。”
“你会说英语？那再好不过了！”传教士在胸前划个十字“我可以在边上坐下吗？”
“请自便，神父。”孙元起说。
坐下之后，传教士盯着孙元起：“年青人，我能看见你的软弱与彷徨。来吧，说给我听听。上帝或许会听到你的心声，给予你指点。”
孙元起从来都不是一个倾诉欲望很强烈的人，而且，自己遇到的这些和谁倾诉去？于是，他摇摇头：“恐怕没有人能够给我指点。即使这样，我还是要谢谢你的善良。”
“神说，但要敬畏耶和华你们的神，他必救你们脱离一切仇敌的手。”传教士显然不会被这一个小小的挫折所吓退，他开始长篇大论“我们都是耶和华牧养的羊群，在这世界上，随时会被撒旦的使者所迷惑，寻找不到前进的方向。只要我们诚心地做神的子民，向神倾诉祈祷，他便会听见你的诉求，给予你指点，不至于沉沦”
从小接受唯物主义教育的孙元起，自然不会被传教士这套理论的蛊惑。但知道他好心，不忍心落了他的脸面，加上路途寂寥，便和他有一句没一句地他闲聊。
“说出你的困惑吧，孩子，上帝对于人类的指示都记载在圣经中，现在由我来陈述给你。”
“什么，上帝对于人类的指示都记载在圣经中？”孙元起不是要和他打嘴仗，只是随便反问一句，以表示自己在“认真地”听他说话。
“是的！”传教士笃定地回答道，他举起圣经手臂正好挡住斜射过来的夕阳，迎面看去，很有几分圣洁的色彩“上帝所说的，都记载在圣经中，指示你所当行的事。”
孙元起心中一动，向传教士借过圣经，在夕阳的光辉中闭上眼睛，默默静心一会，然后左手随意翻开一页，右手的食指在纸面上一点，睁开眼，却是创世纪中的一句：
“拉班带领他的众弟兄去追赶，追了七日，在基列山就追上了。”